L’essentiel de la biodiversité forestière est conservé par les bonnes pratiques des forêts de production, pratiquées ou promues par l’ONF dans les forêts publiques : préservation de bois mort et d’arbres à cavités. Il reste néanmoins des espèces (animales, muscinales, fongiques) exigeant une quantité et diversité de bois morts, y compris de très gros bois, ou une certaine structure et ancienneté du manteau forestier ; ceci peut impliquer un manque à gagner pour le propriétaire.
Du fait de son morcellement et parfois de sa non-exploitation, la forêt privée peut également héberger une biodiversité élevée.
Seules 2,5% des forêts bénéficient d’un statut de protection (Réserve Naturelle, APPB, Parc national, Réserve biologique), qui ne signifie pas toujours l’arrêt de toute exploitation, tout comme les classements au titre des PLU ou de Natura 2000.
Quant au statut foncier, au dessus de 1500 mètres, les forêts sont aux ¾ publiques (bénéficiant donc du régime forestier) ; au-dessous de 1000 mètres, elles sont aux ¾